למנהל הרשות הממשלתית למים וביוב (מנהל הרשות) אחריות כוללת על מצב מקורות המים, על זמינותם לכלל הצרכים ועל איכותם.

לפי הוראות כללי השפכים, מפעל לא יזרים, במישרין או בעקיפין, שפכים שהינם "שפכים אסורים להזרמה", כהגדרתם בכללי השפכים, למערכת הביוב של התאגיד. כמו כן, מפעל לא יזרים למערכת הביוב "שפכים חריגים", כהגדרתם בכללי השפכים, אלא בכפוף לדיווח או לקבלת אישור מתאים מן התאגיד והמשרד להגנת הסביבה, לפי המקרה, וזאת לפי סעיף 6 לכללי השפכים.

חברה (מנהל הרשות הממשלתית או מי שמונה לממונה לפי כללי המים) תחייב בתשלום מפעל שיזרים שפכים כאמור בסעיף קטן (א), לפי כללי התעריפים; תשלום כאמור יהיה בעד התקופה שחלפה ממועד דגימת הבדיקה האחרונה לפי סעיף 5 או בעד תקופה של חצי שנה שקדמה למועד גילוי הזרמת השפכים בניגוד לסעיף קטן (א), לפי הקצרה מבניהן.

השמירה על מקורות המים נערכת ב-3 מישורים מקבילים:
ניטור למיפוי זיהומים קיימים במקורות המים: ניטור מקורות המים בארץ מתבצע ע"י תכניות ניטור ייעודיות שמפעילה רשות המים לאיתור מוקדם של זיהומים במקורות המים ודיגום קידוחי הפקה המספקים מי שתייה. כלל המידע על איכות מקורות המים נקלט במערכת המידע המרכזית של רשות המים לשם ניתוח מצב איכות מקורות המים בארץ.

מניעת המשך זיהום ממקורות מתמשכים: מניעת המשך זיהום מקורות המים נעשה ע"י הקמת תשתיות לטיפול בחומרים בעלי פוטנציאל זיהום ואיתור תורמי זיהום בפועל הממשיכים לזהם. פעילות זו משולבת בין מספר משרדי ממשלה וגורמים נוספים. רשות המים שותפה במספר רב של פעולות למניעת זיהום הכוללות בין היתר: אישור תכניות אב לאתרי סילוק פסולת, סיוע לפיתוח מערכות לניצול הקולחין להשקיה חקלאית, פעילות ממוקדת כנגד צרכני מים המייצרים שפכים, מניעת זיהום באגן היקוות הכנרת ועוד.

שיקום וטיוב מקורות מים שזוהמו: רשות המים מקדמת ומנחה פעולות לשיקום מי תהום שהזדהמו.
פעולות השיקום מטופלות ב-2 מישורים: טיוב בארות ופעולות לשיקום מקורות המים לבלימת התפשטות הזיהום.

מטרת כללים אלה הסדרת הזרמתם של שפכי המפעלים באופן שלא תגרום נזק למערכת הביוב, תהליכי הטיפול בשפכים וניצול מי הקולחין וכן למניעת מטרדים ונזקים לציבור או לסביבה; החברה תבטיח את איסופם, סילוקם וטיהורם של כל השפכים המוזרמים אל מערכת הביוב ובלבד שקליטתם לא תגרום לפגיעה במערכת הביוב של החברה או של כל גורם אחר; מפעל לא יזרים מן המפעל למערכת הביוב שפכים העלולים לגרום לנזקים כאמור אלא לפי כללים אלה.

  • הגדרות
  • "שפכים האסורים להזרמה למערכת הביוב" – שפכים הגורמים נזק למערכת הביוב או שמתקיים לגביהם אחד לפחות מהתנאים המפורטים בתוספת הראשונה.
  • שפכים חריגים" – שפכים פריקים שיחס COD/BOD בהם קטן מ–4 וריכוז ה–VSS בהם גדול מ–70% מריכוז ה–TSS; השפכים ניתנים לטיפול במט"ש ולטיפול כאמור עלות נוספת לעומת שפכים סניטריים; ריכוז אחד מהמרכיבים בהם לפחות עולה על הערכים הנקובים בטור ב' בתוספת השנייה; "שפכים סניטריים" – שפכים שמקורם בשירותים סניטריים או במטבח, ובלבד שאם מקורם במטבח לפי טיבם וכמותם לא נדרש לגביהם טיפול מקדים לפני כניסתם למערכת הביוב; "שפכי תעשייה" – שפכים שמקורם במפעל המוזרמים מן המפעל למערכת הביוב, למעט שפכים סניטריים;
  • "תכנית ניטור ובקרה שנתית" – תכנית לקביעת איכות שפכי המפעל המוזרמים למערכת ביוב, לרבות דיגום, בדיקה, פענוח תוצאות ודיווח לפי העניין.
  • "תקנות קולחין" – תקנות בריאות העם )תקני איכות מי קולחין וכללים לטיהור שפכים(, ; 6 התש"ע-2010
  • "תקנות בוצה" – תקנות המים, מניעת זיהום מים, שימוש בבוצה וסילוקה.